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FHIR-TO-OMOP
Das FHIR-TO-OMOP Paket stellt Schnittstellen und Services bereit, um die im HL7 FHIR-Standard vorliegenden Forschungsdaten in das Observational Medical Outcomes Partnership (OMOP) Common Data Model (CDM) umzuwandeln und somit die etablierten OHDSI-Tools nutzen zu können.
Es enthält die folgenden Komponenten:
- OMOP-Datenbank: Eine PostgreSQL-Datenbank mit einem Datenbankschema, das dem OMOP CDM entspricht.
- Initialisierung der OMOP-Datenbank: Initialisierung des OMOP CDM inklusive Einspielen des deutschen Vokabulars.
- FHIR-TO-OMOP: Ein ETL-Prozess, der Daten (FHIR-Ressourcen) aus dem FHIR Server BLAZE extrahiert, in das standardisierte OMOP CDM-Format transformiert und in eine OMOP CDM-Datenbank lädt.
- OHDSI WebAPI: enthält alle OHDSI RESTful Services, die von OHDSI-Anwendungen aufgerufen werden können.
- ACHILLES: Ein OHDSI-Tool zur Datenbeschreibung und -visualisierung.
- ATLAS: Ein webbasiertes OHDSI-Tool für wissenschaftliche Datenanalysen.
- DQD: Ein R-basiertes OHDSI-Tool zur Einschätzungder Datenqualität.
Bereitstellung projektbezogener Forschungsdaten im OMOP CDM-Format
Paket zur Datentransformation (5 Bestandteile)
inkl. Installationsanleitung, Installationsvoraussetzungen, Troubleshooting und Kontaktdaten
